El origen poblacional de Hernandarias comienza en la comunidad más antigua del cuadrante Este de lo que se conocía como el Alto Paraná, durante la época colonial. En 1619 hubo un primer intento de crear esta reducción, pero se realizó efectivamente recién en 1624 por los Padres Jesuitas Diego de Boroa y Claudio Ruyer quienes fundan el pueblo bajo el nombre de Natividad de Nuestra Señora del Acaray, en la región cercana a la confluencia del Río Acaray con el Paraná.
Esta reducción guaranítica fue la primera conocida en toda la comarca del Alto Paraná y al parecer en 1633 sus habitantes emigaron por las constantes amenazas de ataques bandeirantes.
La zona donde se asienta Hernandarias hoy, durante la época de Don Carlos Antonio López se denominaba "Campos del Tacurupucú" (termitero alto), en la confluencia entre el Acaray con el Paraná. Este presidente hizo abrir anchos caminos y la creación de su puerto hacia 1857 de manera a poder seguir explotando la madera y la yerba de aquella vasta extensión de selvas y junglas, pertenecientes al Bosque Atlántico del Paraná. La parte fuerte de la explotación yerbatera llegó con La Industrial Paraguaya hacia 1887.
En 1896 se le denomina de manera oficial Hernandarias, en honor al Primer Gobernador criollo que tuvo la región del Paraguay y el Río de la Plata, Hernando Arias de Saavedra; junto a otras dos poblaciones que llevaron nombres de aquellos primeros navegantes y exploradores de estas tierras: Domingo Martínez de Irala (ciudad de Alto Paraná) y Juan de Ayolas (ciudad de Misiones). Fue en 1938 que se declaró como municipio de tercera categoría y de primera categoría lo hizo en 1980 para convertirse en la ciudad pujante y de gran crecimiento como la conocemos hoy.
En ese crecimiento mucho tuvo que ver e influyó el hecho que dos de las principales Centrales Hidroeléctricas del Paraguay se encuentran en su distrito: Acaray e Itaipú; razón por la que se la llama "la Capital Latinoamericana de la Energía Eléctrica".
Itaipú durante muchas décadas fue la hidroeléctrica más grande del mundo y ahora es la segunda, aunque mantiene su hegemónica e inalcanzable primera posición en cuanto a potencia de producción. Además ofrece a los turistas varias visitas que serán del agrado de todo el público, como la visita por la Central Hidroeléctrica diurna, la visita al Show de Iluminación Monumental, el recorrido por la Mini-Usina que es una maqueta al aire libre más grande de Sudamérica: una versión miniatura de Itaipú junto con el lecho del Paraná y que funciona para crear previsiones y cálculos; el Museo de la Tierra Guaraní, el Vivero (zoológico) e incluso el Refugio Biológico del Tati Yupí.
La Represa Hidroeléctrica de Acaray fue la primera en ser construida y es 100% paraguaya, hoy día ofrece un show de luces al costado de la Supercarretera.
Otro atractivo de Hernandarias es el Salto Acaray sobre el lecho seco, que a veces cuando las compuertas de desagüe del Acaray están abiertas permite disfrutarlas sobre el Puente Cavalcanti. El propio lago artificial del Acaray es un atractivo que se disfruta desde Punta Arena con sus mágicos atardeceres o salidas de la luna.
Otro lago artificial es el que forma el embalse de Itaipú, razón por la que hoy en día existe la Playa Tacurupucú y la Costanera de Hernandarias dentro de un complejo que cuenta con todas las comodidades y espacios recreativos varios, sin olvidar de los atardeceres sobre el mencionado lago artificial que es el más grande del país.
Es uno de los distritos de mayor crecimiento del Paraguay, lleno de propuestas gastronómicas y hoteleras donde incluso cuenta con el conocido Paraná Country Club como lugar referencial que es un barrio cerrado donde se encuentran las casas más lujosas del continente, igual que otros barrios cerrados exclusivos como el Santa Elena Country & Marina Club, Costa del Lago y Puerto Marco.
Hernandarias es una ciudad con potencia y mucha proyección de crecimiento, afianzando cada vez más su posición como capital hidroeléctrica.
