San Alfredo era simplemente una zona donde existían algunas estancias hasta que en la década del 30 llega una misión salesiana que iba a trabajar en el desarrollo de la industria forestal, transportando madera de los tupidos bosques cercanos al gran área verde de lo que hoy se conoce como el Parque Nacional Paso Bravo y la Serranía de San Luis.
Paulatinamente la colonia se fue poblando gracias al importante negocio maderero y su facilidad para llegar hasta Puerto Alegre (sobre el Río Paraguay) y de esa manera transportar el producto vía fluvial hacia el sur o a la Argentina. De manera extraoficial, este asentamiento ubicado cercano a la Laguna Yvykuá, utilizaba ese nombre para hacerse conocer.
Fue en 1955 que se denominaron oficialmente Colonia San Alfredo, en honor al recién asumido presidente del Paraguay en 1954.
La colonia fue creciendo con el correr del tiempo y logró su distritación en 2013 convirtiéndose así en Municipio y deslindándose del distrito de Concepción. Esta zona hermosa rodeada de muchos árboles y bosques prácticamente impenetrables cuenta con la dicha de estar en contacto con algunos arroyos de exuberante belleza, como el Chararã, el Pitanahoga, el Tagatiya-mí o el más conocido y deseado por los visitantes: Tagatiyá. Su límite con Concepción es el gran Río Aquidabán que riega sus costas tupidas.
Con la llegada del asfalto en 2014, San Alfredo tiene miras a crecer y desarrollar el turismo detrás del Tagatiyá, que es uno de los arroyos más cristalinos del Paraguay y que muchos hasta lo llaman "el Bonito Paraguayo".
