El origen de Villa Ygatimí se pierde en la historia, pues por una parte se relata que los franciscanos llegaron a la zona en 1549 y fundaron una reducción en el sitio llamada Reducción de Terecañy, que luego en 1585 fue llamada San Pedro de Terecañy. Por otra parte, Juan Gregorio de Bazán y Pedraza funda Villa Ygatimí en 1715, cuando era Gobernador del Paraguay.
Es probable que esa diferencia de tiempo se deba al posible abandono de Terecañy, pues, los incontables azotes de bandeirantes, mamelucos e indígenas en la región ocasionaba que muchas poblaciones migren de lugar, como había ocurrido con Villarrica y que antiguamente no se encontraba lejos de esa zona por ejemplo. En 1676 el bandeirante Francisco Pedroso Xavier junto con 3.000 indios tupís y mamelucos destruyó varias reducciones jesuíticas del Jejuí (San Pedro de Terecañy, San Francisco de Ybirapariyara, Candelaria y San Antonio Mbaracayú). Quizás esto obliga a la evacuación y abandono del pueblo hasta que se refunda años después por el mencionado gobernador.
Villa Ygatimí no debe ser confundida con el Fuerte de Nuestra Señora de los Placeres de Ygatimí, o Iguatemí, que históricamente se ubicaba en el noreste del Mbaracayú y fue erigida por portugueses, quienes de manera clandestina levantaron dicha fortaleza.
Villa Ygatimí fue elevada a la categoría de distrito en 1901. Fue importante centro yerbatero durante la era colonial española y también centro de acopio de esta materia durante la Guerra contra la Triple Alianza. Formó parte del itinerario del Mariscal López y su último contingente que lo acompañó desde las Cordilleras hasta Cerro Corá, pasando por Yhu, Curuguaty, Itanará, entre otros.
A menos de 15km de Ygatimí en la zona de Tendal, unas 400 mujeres residentas decidieron inmolarse antes que caer en manos enemigas, donde hoy se conoce como Colonia Las Residentas. Es hacia ese lugar donde se accede a la Reserva del Bosque Mbaracayú, uno de los paraísos verdes del Paraguay y uno de los últimos remanentes de lo que fue el Bosque Atlántico del Paraná.
La ciudad posee el Lago Ygatimí, lugar de recreación de los pobladores y especial para llevar a los visitantes. También el Mbaracayú Lodge, localizado dentro de la Reserva del Bosque Mbaracayú es un hotel-escuela de estilo rural pero lujoso, ubicado en el bosque y donde uno puede estar en contacto directo con la naturaleza e innumerables servicios.
Villa Ygatimí es una ciudad pequeña, con mucha historia y con una gran proyección de crecimiento con la ansiada llegada del asfalto que la pondrá en el camino de la ruta turística del Noreste.
