El Museo Cabildo de Pilar es uno de los edificios más emblemáticos e importantes de la historia de la ciudad así como del país. Se trata de una construcción colonial cuya refacción data desde la época en que el Doctor José Gaspar Rodríguez de Francia se constituyó como mandatario del Paraguay, después de la revolución independentista de 1811 y fue quien la mandó edificar durante los primeros años de su gobierno.

Este edificio fue erigido en 1784 y se comenzó a refaccionar en 1817. Dicho proceso finalizó en 1822, año en que se inauguró y funcionó hasta 1824 como Cabildo, luego sus funciones fueron cesadas por el mismo presidente. Durante la época de Carlos Antonio López funcionó como Cuartel General.

Después de la Guerra contra la Triple Alianza casi pereció en el olvido y fue cedida a manos privadas. Se vendió un par de veces y el último comprador la donó nuevamente al Estado Paraguayo en 1967.

Desde la restauración de 1972 se constituyó en Museo histórico de la ciudad de Pilar y en él atesora valiosísimas piezas y objetos pertenecientes a la época colonial así como de ilustres personalidades de la comunidad.

Inclusive guarda imágenes sacras de la antigua iglesia de Pilar que había sucumbido en un incendio en el año 1868 a causa de una de las bombas lanzadas por los enemigos durante la Guerra Grande.