El Cerro Santo Tomás tiene aproximadamente 400 metros de altura, en el camino de sus laderas uno encuentra tierra roja, cantos rodados de todos los tamaños, señal de que hace millones de años todo esto debió ser el fondo de un mar. No obstante, al llegar a una cierta altura las paredes se vuelven absolutamente verticales. Estas paredes son de piedra gris y compuestas por bloques perfectamente rectangulares de gran tamaño. La cima del cerro, a la que se accede por caminos en sus laderas, es totalmente plana por lo que es aprovechada por los clubes de aladeltistas.

En dicha cima de esta estructura se encuentra la famosa gruta de Santo Tomas. Tiene poco más de un metro cincuenta de altura, es perfectamente rectangular y se halla protegida por un pequeño mirador amurallado desde el que se puede contemplar a la perfección los alrededores. Esta gruta apenas se interna unos metros a las profundidades del cerro pues un derrumbe de rocas la bloquea. No obstante, una vez en el interior podremos comprobar que el perfectamente rectangular orificio parece ser parte de una construcción hecha con gigantescos bloques de piedra.