La Estación de Encarnación había sido construida en la segunda era del Ferrocarril Nacional, específicamente en 1913, durante la época en que los ingleses se encargaron de realizar los nuevos tramos más al sur de Paraguarí y llegar así hasta la capital de Itapúa. La primera era que si bien también utilizó ingeniería y técnicos ingleses, comenzó en 1858 y se truncó con el inicio de la Guerra contra la Triple Alianza.

La llegada del Ferrocarril impulsó una gran corriente migratoria al sur del país, por lo que también significó la llegada de muchos inmigrantes europeos y de otros puntos del Paraguay. La Estación fue uno de los edificios que logró mantenerse en pie luego del devastador ciclón del año 1926 que destruyó gran parte de Encarnación.

En el año 2010 avanzaba el proyecto de la suba de la cota del Río Paraná en la creación del embalse de la Entidad Binacional Yacyretá, por lo que la estación iba a quedar afectada por el nuevo nivel del Río. Se procedió a su demolición (en un inicio de manera irresponsable, pero luego se subsanó) controlada y se guardaron todos los materiales para su reconstrucción.

Recién en el año 2013 comenzó la reedificación de la mencionada estación en el área de la Costanera de la Playa San José. Si bien no se pudo replicar de manera exacta el diseño original donde se respeten las reglas de Restauración de Patrimonio Histórico, se logró asemejar bastante a la construcción histórica.

Las obras en la Réplica de la Estación de Encarnación fueron culminadas en 2016 y en su interior cuenta con oficinas y museo ferroviario. El espacio se utiliza de manera frecuente para actividades de índole cultural, organizados por la Municipalidad de Encarnación.